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Sono state avanzate diverse ipotesi, nessuna delle quali è però stata provata con certezza: forse la più accreditata è che la morìa sia dovuta all' uso dei pesticidi neonicotinidi, in particolare sulle colture di mais (tale ipotesi è suffragata dal relativo aumento della popolazione di Apis mellifera nel nord italia dopo il divieto di usare tali pesticidi).

Anche altri fattori, come il riscaldamento globale, sono stati chiamati in causa, ma senza prove affidabili: alcuni ritengono, infatti, che il ciclo vitale delle api sia stato alterato a causa degli inverni più miti (tuttavia, le api sono presenti anche in località con climi molto più caldi del nostro).

Va ricordato, comunque, che le api domestiche sono state selezionate da generazioni per aumentare la produzione di miele: in questo modo, si è ridotta la variabilità genetica (le sottospecie che producevano più miele sono state allevate, a scapito delle altre), ed in una popolazione uniforme parassiti ed infezioni possono diffondersi con molta più facilità, perchè è meno probabile trovare individui resistenti.

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