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Nella risonanza magnetica nucleare il paziente viene esposto ad un forte campo magnetico. Il procedimento è indolore e non è pericoloso o nocivo per i tessuti viventi. Può tuttavia creare problemi se sono presenti parti metalliche: per questo motivo la risonanza non si può fare su portatori di alcuni tipi di protesi (le protesi più recenti, in titanio, non sono magnetiche e non danno problemi), o in pazienti che hanno schegge di ferro nel loro corpo (in seguito ad incidenti stradali, esplosioni, lavoro come saldatore...), che potrebbero essere spostate dal campo magnetico causando lesioni interne. Non può inoltre essere effettuata in pazienti portatori di pace-maker (che rischia di andare in tilt se sottoposto a campi magnetici eccessivi). Perciò prima di effettuare l' esame il paziente deve rispondere ad un questionario, in modo da escludere simili problemi.

Il mezzo di contrasto usato in alcuni tipi di risonanza magnetica è a base di gadolinio, ed a differenza del mezzo di contrasto iodato usato per la tac (che può dare reazione allergica), presenta molto raramente complicazioni.

Durante la risonanza magnetica la parte del corpo da esaminare viene fatta passare in uno spazio relativamente piccolo, e ciò può causare disagio nei pazienti che soffrono di claustrofobia (in tal caso il radiologo può proporre l' uso di un blando calmante). In ogni caso, il paziente può sempre comunicare con l' esterno (anche se il tecnico che segue l' esame non si trova nella stessa stanza, all' interno è presente un microfono e un altoparlante, oltre ad una telecamera a circuito chiuso)

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