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In primo luogo, la distinzione tra "chimico" e "naturale" non riguarda le proprietà di una sostanza o gli effetti sull' organismo, ma solo il sistema di produzione (sintesi artificiale o estrazione da un organismo vivente). Inoltre, molti antibiotici erano in origine estratti da muffe, e sono stati successivamente sostituiti da prodotti di sintesi per aumentare la produzione (sarebbe quindi più corretto definirli chemioterapici, anche se il termine "antibiotici" è rimasto nell' uso comune). Il pregiudizio che tutto ciò che sia "naturale" sia "buono" è tanto diffuso quanto errato: anche la amanita falloide è "naturale", ma ciò non la rende meno velenosa.

Inoltre, diverse infezioni batteriche richiedono antibiotici diversi: è quindi più opportuno utilizzare un antibiotico specifico contro un certo ceppo, in primo luogo perchè così è possibile usare dosi più basse, ed in secondo luogo perchè si riduce il rischio di selezionare batteri resistenti (cosa che accadrebbe usando abitualmente lo stesso antibiotico contro la maggior parte delle infezioni).

Per quanto riguarda il propoli, poi, è vero che ha proprietà battericide e funghicide, ma tali effetti sono decisamente blandi, e non sono affatto sufficienti a sostituire un farmaco antibiotico.

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